Skärgårdarna liknar ofta varandra, med sina klippor, sin utsatthet för havet som ger en karghet, och att det faktiskt går att hitta sandstränder. Men trots allt skiljer de sig åt.
Blekinge skärgård är den sydligaste skärgården i Sverige, och det är en skärgård som inte är särskild exploaterad. Där finns bokskogar, ekar, och är man intresserad av växtlighet finns många olika arter att hitta, till exempel på de enebuskshedar eller strandängar där man tidigare odlat foder till boskap. På en del öar finns det fortfarande småskaligt jordbruk.
I Göteborgs skärgård är den mest typiska växten kanske Kaprifol, men mer ovanliga arter kan också hittas, tex ostronört och ramslök. Naturen består till stor del av klippor, där det gärna växer trift och ljung, men det finns även områden med mer växtlighet. Landskapet är till stor del öppet, och påverkas därför mycket av havet.
Stockholms skärgård är i sin tur präglad av hur den formats av inlandsisen och landhöjningen. Även där är landskapet lite kargt, men en hel del arter trivs. Blåstången är vanlig, och annat som kan nämnas är havstulpan, guckosko och majviva. Även i Stockholms skärgård finns en del jordbruk, och man bedriver en varsam skogsvård.
Luleå är en del av den skärgård som finns i Norrbotten, i Bottenviken, och med tanke på läget är det inte konstigt att naturen här skiljer sig från de andra skärgårdarna. Växtligheten på de mest karga öarna liknar den i fjällen, med lavar, mossor och låga träd. Det finns hedar, och på en del öar finns skogsområden. På skyddade ställen man kan hitta liljekonvalj och nattviol, och mer speciellt för området är torplås- och nordlåsbräken. En annan speciell växt har det vackra namnet strandögontröst.
Fågelliv
Fåglar brukar trivas bra i skärgårdar, och många vid många öar ska man visa särskild hänsyn, speciellt under häckningstid. En del är skyddade så man inte får gå i land där, med tanke på att fåglarna inte ska störas. (Ibland är skyddsområden också med tanke på säl och fisk.)
I de södra skärgårdarna, som Göteborgs, Blekinges och Stockholms, domineras fågellivet av trutar, måsar och ejdrar, men man kan hitta ett stort antal arter där. I Göteborgs skärgård kan man hitta både skogsarter och havsarter, som till exempel tordmule. Lite mer ovanliga arter i Stockholms skärgård är berguv, havsörn, tobisgrissla, tordmule. Skarven har brett ut sig allt mer och ställt till med en del problem för boende.
Luleås skärgård präglas även i fågellivet av sitt norra läge. Många av arterna som finns där finns också i fjällen, till exempel svärtan, sjöorren, mosnäppan, rödbenan och havsörnen.